Het Margaretha Klooster (zie overzijde), had samen met de  bibliotheek van de St. Jan een van de grootste bibliotheken van het middeleeuwse Gouda. Verschillende bibliotheken werden later samengevoegd tot stadslibrije, waarbij onduidelijk is welke boeken en handschriften uit het Margaretha Klooster kwamen. Dit klooster werd eerder als enige geplunderd tijdens het beleg van Gouda in 1572. In de stadslibrije bevindt zich ook de collectie uit het klooster van Stein, waar Erasmus ingetreden was. Hierdoor bezit de librije enkele handschriften met teksten van Erasmus en zijn kring.