In 1552 werd de St. Janskerk door de bliksem getroffen en door brand verwoest. In de jaren daarna werd de kerk herbouwd en kreeg het de wereldberoemde glas-in-loodramen. Deze werden o.a. ontworpen door glazeniers Dirck en Wouter Crabeth. De glazen laten voorstellingen zien uit het Nieuwe Testament. Ze weerspiegelen de wens van Erasmus en andere kerkhervormers uit die tijd om de Bijbel voor iedereen toegankelijk te maken. Geen Middeleeuwse interpretaties, maar heldere verhalen die voor iedereen begrijpelijk zijn. Deze nieuwe koers werd niet meteen door iedereen gewaardeerd, maar kreeg uiteindelijk de zegen van Koning Filips de Tweede.